در مراحل نهایی تولید انواع دارو و محصولات دارویی می توان از کربن فعال استفاده نمود و پروتئین و سایر آلاینده را حذف کرد. انجام این مرحله به شدت بر کیفیت داروها و اثرگذاری آنها تاثیرگذار بوده و اهمیت زیادی دارد. به عنوان مثال، این مواد قادرند ناخالصی و پروتئین هایی از قبیل از پلاسمای خون، آنزیم ها، اسید فولیک و اسیدهای آمینه و همچنین محلول های وریدی را از بین ببرند.

از دیگر موارد کاربرد این مواد می توان به تصفیه پساب ها اشاره نمود. پساب های دارویی یکی از خطرناک ترین موارد بوده و بدون تصفیه نباید در سایر صنایع استفاده شده یا وارد طبیعت شوند. به همین دلیل با انواع روش های فیزیکی، شیمیایی و بیولوژیکی آلاینده های آن کاهش پیدا می کنند. از جمله اقدامات مهم در فرآیند تصفیه این پساب ها می توان به حذف آلاینده ها با فیلتر کربنی اشاره نمود. این مواد قادرند ترکیبات مختلف و مضر موجود در پساب را با قدرت بسیار زیاد حذف کنند.